Ban Dân tộc là cơ quan chuyên môn ngang Sở thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hoà, được thành lập theo Quyết định số 41/2002/QĐ-UBND ngày 20/3/2002 của Uỷ ban nhân dân tỉnh Khánh Hoà trên cơ sở sát nhập 2 đơn vị "Ban Xây dựng Miền núi và Hải đảo" và "Chi cục Định canh định cư và vùng Kinh tế mới", với tên gọi là "Ban Dân tộc Miền núi và Định canh định cư".

Căn cứ Nghị đinh số 53/2004/NĐ-CP ngày 18/02/2004 của Chính phủ về kiện toàn tổ chức bộ máy làm công tác dân tộc thuộc Uỷ ban nhân dân các cấp và Thông tư liên tịch số 246/2004/TTLT-UBDT-BNV ngày 06/5/2004 của Uỷ ban Dân tộc và Bộ NộiVụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức cơ quan chuyên môn giúp Uỷ ban nhân dân quản lý nhà nước về công tác dân tộc ở địa phương; Uỷ ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 208/2004/QĐ-UBND ngày 25/11/2004 kiện toàn tổ chức Ban Dân tộc Miền núi và Định canh định cư và đổi tên thành Ban Dân tộc.

Ngày 20/02/2025, tại kỳ họp chuyên đề khóa VII, Hội đồng nhân dân tỉnh đã biểu quyết thông qua Nghị quyết số 02/NQ-HĐND về việc thành lập Sở Dân tộc và Tôn giáo tỉnh Khánh Hòa.

Sau khi hợp nhất 2 tỉnh Khánh Hòa và tỉnh Ninh Thuận, thành lập tỉnh Khánh Hòa. Tại kỳ họp thứ nhất Hội đồng nhân dân tỉnh Khánh Hòa Khóa VII đã biểu quyết thông qua Nghị quyết số 12/NQ-HĐND ngày 01/7/2025 về việc thành lập Sở Dân tộc và Tôn giáo tỉnh Khánh Hòa.

Sở Dân tộc và Tôn giáo tỉnh Khánh Hòa là cơ quan thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, có chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về dân tộc và tín ngưỡng, tôn giáo và thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo sự phân cấp, ủy quyền của Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh.

Sở Dân tộc và Tôn giáo tỉnh Khánh Hòa có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý và điều hành của Ủy ban nhân dân tỉnh; đồng thời, chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ của Bộ Dân tộc và Tôn giáo.